Deacon nació el 19 de agosto de 1951, en Leicester, creció en una familia compuesta por su padre Arthur Henry Deacon (quien trabajaba en una compañía de seguros), su madre Lillian Molly y su hermana menor Julie (nacida en
1956).
A los siete años sus padres le compraron su primera guitarra eléctrica, una «Tommy Steele» especial roja de plástico. En 1960 la familia se trasladó a Oadby, a las afueras de Leicester, y John cambió de colegio. Aunque le gustaba mucho la música -principalmente la de The Beatles, The Rolling Stones, The Animals, The Hollies, The Dave Clark Five, The Zombies- su principal afición era la Electrónica.
En 1962, a los once años, decidió que quería aprender a tocar la guitarra, y comenzó a ahorrar para comprar una, repartiendo periódicos por la mañana. Pronto reunió el dinero suficiente para comprar una guitarra acústica, con lo cual empezó a ensayar con unos amigos en un garaje.
Tenía catorce años cuando formó su primera banda, The Opposition. Dieron muchos conciertos en Leicester y sus alrededores. En abril de 1966 incorporan a un nuevo miembro y el bajista deja la banda, siendo sustituido por Deacon, que había comprado un bajo EKO de segunda mano. Debido a su cambio de formación, en mayo adoptan el nombre de The New Opposition.
En septiembre John se matriculó en la Beauchamp Grammar School de Leicester. Todavía le interesaba la Electrónica, y empezó sus estudios con gran entusiasmo, aunque ello no le impidió seguir dando conciertos con la banda, que ya había conseguido prestigio tocando en clubes y fiestas privadas. En marzo de 1968 los miembros decidieron cambiar el nombre del grupo por «Art». Actuaban regularmente, pero las cosas no iban demasiado bien. En septiembre uno de los miembros más antiguos, Richard Young, deja la banda para tocar en otro grupo.
En agosto de 1969 toca por última vez con Art, ya que gracias a sus altas calificaciones en la Beaucamp Grammar School lo habían admitido en el Chelsea College de la Universidad de Londres, para estudiar Electrónica. Al iniciar su segundo curso, John añoraba la música y tocar en un grupo, en ese momento el álbum Abbey Road de The Beatles se convirtió en una de sus princiaples influencias, temas como: Come Together, Something, Oh! Darling, I Want You y Because del álbum mencionado son sus preferidos , y convenció a su madre para que le enviara el equipo a Londres. Como su compañero de piso, Peter Stoddart, tocaba la guitarra, se juntaron con otros dos compañeros de clase y se llamaron Deacon. Pero John no se sentía contento, no le gustaba el sonido del grupo.
A principios de 1971 acudió con Peter Stoddart y una amiga, Christine Farnell, al María Assumpta Teacher Training College. Christine le presentó a tres amigos suyos: Roger Taylor, Brian May y Freddie Mercury. Como Roger y Brian estaban buscando bajista para su grupo Queen, le preguntaron a John si le gustaría hacer una prueba. La prueba tuvo lugar días después en el Imperial College, y los miembros de Queen pensaron que era muy bueno, además como era un poco callado pensaron que podría adaptarse sin demasiados problemas. El hecho de que fuese un mago de la Electrónica fue un factor decisivo para su aceptación. Posteriormente, gracias a su formación como ingeniero electrónico, construyó y adaptó equipos para la banda. Su creación más conocida es el "Deacy Amp", usado por Brian May y él mismo, por ejemplo al final del tema Bohemian Rhapsody.
Unos días después (finales de febrero de 1971), lo llamaron para decirle que lo aceptaban, y John Deacon se convirtió en el cuarto y definitivo miembro de Queen.
John pasó los siguientes 16 años de gira con Queen, coproduciendo 12 álbumes y 32 sencillos. En 1986 John realizó su primer y único trabajo como solista. Formó el grupo The Immortals junto a Robert Ahwai y Lenny Zakatek, para grabar un único tema titulado No Turning Back, lanzado al mercado ese mismo año y apareciendo en el filme Biggles, en cual John hace una aparición menor.
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