Perry nació el 10 de septiembre de 1950 en Lawrence, Massachusetts. Es hijo de padres inmigrantes italianos y portugueses. Al llegar a Estados Unidos su abuelo cambió el apellido de Pereira a Perry. Perry y su hermana menor Ann-Marie crecieron en el pequeño pueblo de Hopedale en Massachusetts, donde su padre era contador y su madre era maestra de gimnasia en un colegio. Después, ella se retiró a Arizona cuando su esposo murió en 1975.
Comenzó tocando en bares junto a Tom Hamilton. Para pagar los gastos trabajaba en una heladería, llamada The Anchorage, donde conoció a Steven Tyler unos años después.
Al ingresar en Aerosmith, se hizo adicto a las drogas junto con Steven Tyler. Los demás compartían la adicción pero en menor medida. Más tarde y tras un proceso de desintoxicación pudo dejarlas.
Siendo el guitarrista principal de Aerosmith se separó del grupo por problemas con las drogas, a lo que se unió una pelea entre su esposa y la esposa del bajista de la banda, Tom Hamilton. Desde el año 1979 hasta el año 1984, y junto a su compañero Brad Whitford, formó un grupo bajo el nombre de «The Joe Perry Project» que tuvo escasa popularidad y éxito. A mitad de los ochenta se reencontró con sus ex compañeros de Aerosmith.
Entre sus últimos trabajos en solitario Joe publicó un álbum titulado «Joe Plerry». Gracias a este trabajo fue nominado a un Grammy.
Es considerado por buena parte de la crítica como uno de los mejores guitarristas de Rock del mundo. Ha tocado con celebridades como Bon Jovi, Guns N' Roses, Poison, AC/DC,KISS, Bob Marley, The Beatles, Alice Cooper Mick Jagger, Run DMC, Van Halen, entre otros, Joe Perry , quedo en el puesto 48 en Lista de los 100 guitarristas más grandes de todos los tiempos.
Joe Perry ha coleccionado alrededor de unas 600 guitarras durante toda su carrera de guitarrista, entre ellas se encuentra la famosa guitarra Les Paul Boneyard Prototype, una de las más empleadas en los conciertos de Aerosmith la cual le regalaron por Navidad. Además tiene una 1954 Special SG Replica y una de diseño especial de una Joe Perry's Gibson ES custom blanca serigrafiado con rostros de mujeres, una rara muy especial totalmente de cristal y una tipo Stratocaster zurda al revés muy desgastada además de una Gibson Les Paul en tonos negro estándard. Éstas y otras más han sido utilizadas en diversos conciertos.
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